La Dirección de Sistemas de Transporte Sostenible se encarga de Planear, organizar, coordinar, gestionar y administrar los Programas referentes al Transporte en el Municipio de Querétaro; Capacitaciones y Talleres encargados de promover la Movilidad Sostenible como cultura; uso de Medios Alternos de Transporte como el uso de las bicicletas públicas y auto compartido; y atención de contingencias o emergencias sanitarias; destinado a instituciones gubernamentales de los distintos órdenes de gobierno, instituciones de asistencia privada, escuelas privadas y públicas, con la finalidad de encaminar y promover una adecuada educación vial en todos los sectores del Municipio de Querétaro.
- Departamento de Panificación de Sistemas de Transporte Sostenible
Planificar, diseñar y modelar las rutas de los Programas referentes al Transporte en el Municipio de Querétaro destinado a instituciones gubernamentales de los distintos órdenes de gobierno, instituciones de asistencia privada, escuelas privadas y públicas, y ciudadania en general; para satisfacer las necesidades de transporte de las y los beneficiados en el Municipio de Querétaro con la finalidad.
- Departamento de Vinculación y Cultura de la Movilidad
Vincular a la Secretaría de Movilidad con las instancias educativas y dependencias gubernamentales para la realización de los Programas de Educación y Cultura de la Movilidad Sostenible, asi como con otros organismos del Municipio de Querétaro interesados en mejorar la Movilidad. Asi mismo, operar el Programa de Movilidad Alterna Sostenible (QroBici) promoviendo el uso de la bicicleta como medio de transporte alterno.
- Departamento de Operaciones de Movilidad Escolar Gratuita
Planear, coordinar, monitorear, dar seguimiento y coadyuvaren conjunto con la Coordinación Administrativa en el manejo y administración del control del personal y operaciones del Programa de Transporte Integral del Municipio de Querétaro en su modalidad Escolar.
- Departamento de Operaciones de Movilidad Extendida
Planear, coordinar, monitorear, dar seguimiento y coadyuvaren conjunto con la Coordinación Administrativa en el manejo y administración del control del personal y operaciones del Programa de Transporte Integral del Municipio de Querétaro en su modalidad Extendida.