El Archivo Municipal de Querétaro tiene su antecedente más antiguo en los siglos virreinales, cuando de acuerdo a las Leyes de Castilla, el Escribano Real Público y de Cabildo cuyas funciones además de ser secretario o amanuense, era el encargado de la elaboración de autos, peticiones, testimonios y todos los documentos que requirieran los alcaldes o funcionarios del gobierno, además, tenía la obligación de recoger los documentos y concentrarlos. En consecuencia, el Archivo Municipal resguarda documentación de gran valor histórico entre la que destacan, libros de capitulaciones 1655, testimonios de repartición de aguas del rio 1654, un litigio entre el convento de Santa Clara y el Gobernador de Indios de La Cañada 1653 -1694, actas de juntas de propios, 1787 – 1819.
Una vez declarada la Independencia de México se continuó con el resguardo de material documental referente al Ayuntamiento, sin embargo, de acuerdo con algunas Actas de Sesión de Cabildo, fue en 1916 que se le asignó un espacio exclusivo para el resguardo documental y quedó a cargo del Secretario del Ayuntamiento el objetivo de “cuidar que el archivo esté en perfecto arreglo […] y guardar todos los sellos, libros, expedientes y demás documentos que establezcan las leyes y sus reglamentos” como se estableció en la ley Orgánica del Municipio Libre del Estado de Querétaro de 1917. Varias décadas después en 1986, de acuerdo al informe de gobierno de ese año, pronunciado por el Lic. Manuel Cevallos Urueta, quien anunció a la ciudadanía que “Fue ardua la tarea pero a partir de julio del presente año, logramos su rescate le dimos forma congruente e inició sus funciones […]. Opera ya el Archivo histórico, debidamente organizado con archivos de transferencias; un archivo inmediato, un sistema de recibo de documentación, departamento de restauración y una sala de consulta.” En aquel momento el archivo quedó oficialmente instalado en Zaragoza No. 58 poniente y funcionó con las categorías propias de la época, que actualmente han quedado en desuso.
Años más tarde el Archivo Municipal obtuvo su reconocimiento jurídico, cuando por medio de Sesión de Cabildo del día 13 de febrero de 1995, se aprobó el primer Reglamento Interno del Archivo Municipal y, posteriormente pasó a formar parte del Código Municipal como el Apartado Séptimo del Libro Tercero.
Las diferentes sedes del Archivo Municipal han sido, como ya se ha mencionado Zaragoza No. 58, el edificio que hoy alberga la Delegación Centro en Madero 81, también en una parte del terreno donde antaño fuera la Real Fábrica de Puros y Cigarros San Fernando de Querétaro, y que posteriormente se construyó el edificio que un tiempo fungió como hospital de la Cruz Roja, ubicado en la calle de Hidalgo 93, cuyas salas aun dan resguardo a una parte importante de la documentación.
Actualmente la Dirección del Archivo Municipal cuenta con cuatro bodegas ubicadas en distintos puntos de la ciudad, que entre todas resguardan actualmente a 29,718 cajas de documentación administrativa cuyo uso continúa vigente, así mismo, se contiene el acervo histórico mismo que se compone de 3,400 cajas. La cantidad de cajas siempre estará variando en ambas áreas, a causa de los procesos de recepción, selección y depuración, cuyo destino final puede tener tres vertientes la conservación, destrucción o el ingreso a acervo histórico.
