Dirección que conforma el Órgano Interno de control, la cual tiene como objetivo funcional realizar auditorías en materia administrativa, financiera y de obra pública, con sujeción a lo aprobado en el Programa Anual de Auditoría y de conformidad con el Reglamento de Auditoría Gubernamental del Municipio de Querétaro, a fin de verificar que el desempeño de funciones de los/las servidores/as públicos/as de la Administración Pública Municipal, se realice con apego a la normatividad aplicable; fungiendo además como enlace respecto de las auditorías externas ejecutadas por otros fiscalizadores (Auditoría Superior de la Federación, Entidad Superior de Fiscalización, Contraloría del Estado).
De igual forma, tiene a su cargo el padrón de Contratistas y padrón de Laboratorios del Municipio, conforme a los cuales se selecciona a los concursantes en las diferentes obras públicas ejecutadas por el Municipio.